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Nesso si trova sulla sponda orientale del ramo di Como. Il paese si trova alle pendici del monte San Primo e da qui è possibile raggiungere le montagne del triangolo lariano. Nesso è suddiviso in tre frazioni: la frazione di Borgovecchio, che si colloca nella parte settentrionale del paese ed ospita le rovine di un castello, la frazione di Careno e la frazione di Coatesa. Ogni frazione è caratterizzata da un porto di modeste dimensioni. Nello specifico, il porto di Careno è composto da due bacini, nord e sud, protetti da moli in muratura, mentre il porto di Coatesa si trova in prossimità del centro paese. Visto il ridotto pescaggio e la ridottissima manovrabilità, può ospitare unicamente imbarcazioni a motore molto piccole. A ridosso del centro paese si trova l'Orrido di Nesso, formato dalla cascata del fiume Nosè, raggiungibile con piccole barche a remi.
La zona è caratterizzata da leggeri venti termici mattutini ed occasionali brezze pomeridiane. Le brezze sono talvolta rafforzate da perturbazioni in transito. Venti da nord possono creare sulla zona una notevole risacca, che consiglia particolare prudenza in avvicinamento. Il vento di origine temporalesca che desta preoccupazione nella zona di Lezzeno è l'Argegnino, proveniente dalle valli retrostanti Argegno, e che interessa il tratto di costa che va da Nesso a Bellagio. Prestare attenzione, in tal senso, alla nascita di temporali sulle alture retrostanti Argegno.
Il porto di Borgovecchio si trova presso la foce del torrente che scende dal monte La Forcoletta, che si trova a NE della frazione. Careno si trova in prossimità della strettoia più angusta del lago, e dista solo 700 metri sulla sponda occidentale da Torriggia. Infine il porto di Coatesa si trova in una posizione riparata, stretto tra le case del paese. In avvicinamento l'unico riferimento utile è il pontile della navigazione, posto immediatamente a nord dell'attracco. L'ingresso è reso particolarmente disagevole dai bassi fondali e dalla limitata libertà di manovra. N 045°054,671' - E 009°009,265' - Pescaggio medio: 1,5 m | N 045°053,745' - E 009°009,208' - Pescaggio medio: 1,5 m
Nel porticciolo di Borgovecchio, di antica costruzione, per le sue ridotte dimensioni, possono trovarvi riparo unicamente piccole barche a motore. I due bacini che costituiscono il porto di Careno sono protetti da moli in muratura. Il bacino nord, seppur più piccolo, ha un ingresso abbastanza agevole. Il bacino sud, più grande, presenta un ingresso angusto, reso pericoloso dalla presenza di un molo semisommerso, sul lato sinistro dell'imboccatura per chi entra.