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Il piccolo porticciolo di Malgrate si trova a ridosso del paese. Ospita sino a 20 imbarcazioni in acqua e una decina sulla gradinata, posta subito a sud dell'imboccatura. Il piccolo golfo offre buon riparo in caso di venti forti da nord. In caso di necessità usare le boe poste davanti al porto. Si segnala la presenza di un pontile galleggiante, poco a nord del porto, di proprietà dell'associazione nautica Malgratese. A sud del porto è presente un pontile per ormeggi temporanei.
Sulla zona soffiano venti pomeridiani da sud (breva dei laghetti, intensità media di 8/10 nodi) e mattutini da nord (Tivano, intensità media di 15 nodi). In concomitanza di eventi temporaleschi provenienti da nord, sulla zona possono soffiare venti forti e rafficati di direzione settentrionale. Il porto offre una buona protezione anche se necessaria una certa cautela in fase di ingresso con cattivo tempo.
In avvicinamento da nord, il porto è visibile una volta che è stato superato il promontorio che delimita a nord il paese. Provenendo da Lecco, fare riferimento al paese di Malgrate. Prestare attenzione alle secche lungo le rive, una delle quali segnalata da palo 100 m a sud dell'imboccatura, non visibile di notte.
Il porto è riparato da moli in muratura. L'ampia imboccatura esposta a sud può creare risacca in caso di venti dal terzo quadrante. In caso di necessità fare riferimento alla struttura di Lecco o di Parè.