E' fatto divieto assoluto di attraversare la pista di ammaraggio e decollo degli idrovolanti, segnalata da boe gialle illuminate anche di notte. Il traffico commerciale ha diritto di rotta sul traffico da diporto, anche se a vela
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Il porto di S. Agostino si trova di fronte all'omonima piazza. La presenza di qualche posto per ormeggio temporaneo e la vicinanza al centro ne fanno l'approdo ideale per una visita di qualche ora alla città. In particolare da qui è possibile raggiungere, nel raggio di qualche centinaio di metri, od al più di un paio di chilometri, il Duomo, il centro storico (all'interno del quale si trova la chiesa di San Fedele) e la passeggiata a lago. Avendo qualche ora a disposizione, si può poi visitare villa Olmo con i suoi giardini, raggiungibile attraverso una comoda e piacevole strada pedonale che la collega con il piazzale dell'hangar dell'AeroClub. Si segnala che sulla piazza è presente uno scivolo di alaggio, il cui uso non è sempre agevole per via del traffico cittadino.
Sulla zona spirano venti termici mattutini (Tivano, intensità media 7/8 nodi, abbastanza regolare) e pomeridiani (Breva, intensità media 5 nodi, irregolare). In presenza di perturbazioni il normale ciclo delle brezze può essere soggetto a variazioni significative. Venti da nord possono creare una risacca notevole, che può rendere difficoltoso l'avvicinamento. In prossimità del porto il moto ondoso risulta abbastanza attenuato.
In avvicinamento da lontano un buon punto di riferimento è la cupola del Duomo di Como. In prossimità, il porto è facilmente riconoscibile facendo riferimento all'estremità orientale del viale alberato che cela la piazza di S. Agostino. La rotta di avvicinamento è vincolata dalla presenza della zona di ammaraggio degli idrovolanti, posta a nord ovest del bacino e segnalata da boe gialle, illuminate anche di notte. E vietato, per qualsiasi motivo, occupare l'area delimitata dalle boe. Una rotta cautelativa prevede di procedere verso il porto per 120° per almeno 0.3 miglia. In avvicinamento, inoltre, concedere sempre il diritto di rotta al traffico commerciale, anche con imbarcazioni a vela.
E' un porto di antica concezione, protetto da un solido molo in muratura. All'interno sono presenti posti alla trappa, ricavati sul molo, posti in gradinata per piccole imbarcazioni ed un pontile per ormeggio temporaneo che riesce ad ospitare per qualche ora sino a 4 imbarcazioni. Sul lato verso la piazza S. Agostino, infine, sono presenti altri posti barca. L'ingresso è rivolto verso terra. Il porto è ben riparato. Potrebbe entrare risacca con venti da nord e moto ondoso in fase di atterraggio e partenza delle motonavi della Navigazione Lago di Como.